此次增值税转型改革方案的主要内容是：自２００９年１月１日起，在维持现行增值税税率不变的前提下，允许全国范围内（不分地区和行业）的所有增值税一般纳税人抵扣其新购进设备所含的进项税额，未抵扣完的进项税额结转下期继续抵扣。为预防出现税收漏洞，将与企业技术更新无关，且容易混为个人消费的应征消费税的小汽车、摩托车和游艇排除在上述设备范围之外。同时，作为转型改革的配套措施，将相应取消进口设备增值税免税政策和外商投资企业采购国产设备增值税退税政策，将小规模纳税人征收率统一调低至３％，将矿产品增值税税率恢复到１７％。
与试点办法相比，此次全国增值税转型改革方案在三个方面作了调整：一是企业新购进设备所含进项税额不再采用退税办法，而是采取规范的抵扣办法，企业购进设备和原材料一样，按正常办法直接抵扣其进项税额；二是转型改革在全国所有地区推开，取消了地区和行业限制；三是为了保证增值税转型改革对扩大内需的积极效用，转型改革后企业抵扣设备进项税额时不再受其是否有应交增值税增量的限制。
此次改革要取消的进口设备免征增值税政策，主要是指《国务院关于调整进口设备税收政策的通知》（国发〔１９９７〕３７号）和《国务院办公厅转发外经贸等部门关于当前进一步鼓励外商投资意见的通知》（国办发〔１９９９〕７３号）规定的增值税免税政策。这些政策是在我国实行生产型增值税的背景下出台的，主要是为了鼓励相关产业扩大利用外资、引进国外先进技术。但在执行中也反映出一些问题，主要有：一是进口免税设备范围较宽，不利于自主创新、设备国产化和我国装备制造业的振兴；二是内资企业进口设备的免税范围小于外资企业，税负不公。转型改革后，企业购买设备，不管是进口的还是国产的，其进项税额均可以抵扣，原有政策已经可以用新的方式替代，原来对进口设备免税的必要性已不复存在，这一政策应予停止执行。
外商投资企业采购国产设备增值税退税政策也是在生产型增值税和对进口设备免征增值税的背景下出台的。由于转型改革后，这部分设备一样能得到抵扣，因此，外商投资企业采购国产设备增值税退税政策也相应停止执行。
| 
